Saltanatı dönemindeki önemli olaylar
Sultan IV. Mustafa'nın şehzadeliği boyunca kendisine bir evlat gibi davranan Sultan III. Selim aleyhinde isyancılarla işbirliğine girmesi ve onun öldürülmesi için emir vermesi, karakteri hakkında fikir vermektedir. 14 ay süren saltanatında III. Selim'in ıslahat için kurduğu Nizam-ı Cedit ortadan kaldırılmıştır.
Tahta çıktığında devletin merkezi otorite ve hakimiyeti gittikçe zayıflıyor, Sultan III. Selim ve Nizam-ı Cedid yandaşları yakalandıkları yerde öldürülüyordu. Sultan IV. Mustafa'nın tahta çıkmasını sağlayan Kabakçı Mustafa ve yandaşları devlet yönetiminde etkin rol oynuyor, kendi adamlarını önemli mevkilere getiriyorlardı.
Osmanlı Devleti bu isyandan sonra yeniçerilere çok büyük tavizler verdi. Ancak yeniçerilerin istekleri hiçbir zaman bitmedi. Hatta Osmanlı tarihinde hiç görülmemiş bir antlaşma yapıldı. Kabakçı Mustafa isyanında baş rol oynayan yeniçeri ağalarının, kendilerini sağlama almak için yaptıkları bu antlaşmaya göre, yeniçeriler devlet işlerine karışmayacak ve Osmanlı Devleti bu isyandan dolayı Yeniçeri ocağını sorumlu tutmayacaktı.
Sultan III. Selim taraftarları, bu karışık ortam içinde Rusçuk ayanı Alemdar Mustafa Paşa'ya sığınmışlardı. Alemdar Mustafa Paşa Osmanlı-Rus savaşları sırasında büyük başarılar göstermiş ve ordu mensuplarının sempatisini kazanmıştı.
Alemdar Mustafa Paşa
Alemdar Mustafa Paşa ve yandaşları III. Selim'i tekrar tahta geçirmek için bazı görüşmeler yapmaya başladılar. Nihayet 16.000 kişilik bir ordu ile İstanbul'a yürüyen Alemdar Mustafa Paşa, Hacı Ali Ağa'yı İstanbul'a göndererek Kabakçı Mustafa'yı öldürttü (19 Temmuz 1808). Ordusuyla birlikte İstanbul]]'a gelen Alemdar Mustafa Paşa birçok isyancıyı da öldürdükten sonra Babıali'ye geldi. Arif Efendiyi (Arapzade) şeyhülislam yaptıktan sonra saraya gitti.
Sultan IV. Mustafa, Alemdar Mustafa Paşa'nın Sultan III. Selim'i padişah yapmak için geldiğini söyleyen şeyhülislamı kovdu ve kardeşi Şehzade II. Mahmut ve III. Selim'in öldürülmesini emretti. Sultan III. Selim hemen öldürüldü. Şehzade Mahmut ise cariyelerin ve hizmetkarlarının yardımıyla sarayın çatısına kaçırıldı. Alemdar Mustafa Paşa, Sultan IV. Mustafa'yı tahtan indirerek yerine Sultan II. Mahmut'u getirdi. Sultan II. Mahmut, kendisinin tahta çıkarılmasını sağlayan Alemdar Mustafa Paşa'yı sadrazam yaptı.
Alemdar Mustafa Paşa'nın sadrazamlığı ve II. Mahmut'un padişahlığı sırasında sarayda yaşayan IV. Mustafa yeniçerilerin onu tekrar padişah yapmaya çalıştıkları bir ayaklanma sırasında Sultan II. Mahmut'un emriyle 17 Kasım 1808'de öldürüldü. Babasının Eminönü'ndeki türbesine defnedildi. Acımasız bir tabiata sahip olan ve ihtirasları karşısında zayıf durumlara düşerek ülkede kaos ortamı oluşmasına sebep olan Sultan IV. Mustafa ıslahat hareketlerine karşı tutumuyla Osmanlı tarihine geçti.
Sultan IV. Mustafa hat sanatıyla uğraştı. Osmanlı hanedanında Sultan V. Murat'dan sonra en kısa süre padişahlık yapanlardan birisidir.
